पोखरेल प्रतिष्ठान सञ्चालन गर्ने नेपाल स्वास्थ्य सहकारी सहकारी संस्थाको उपाध्यक्ष थिए । सहकारी स्रोतका अनुसार उनले प्रतिष्ठानमा रहेको दुई लाख रुपैयाँको सेयर र सहकारीको सेयर सदस्यवापतको ५ हजार रुपैयाँ र दुई हजार ब्याजसमेत लिएर निस्किएका छन् ।

पोखरेल प्रतिष्ठानका संस्थापक मध्यका एक हुन् । नयाँ मेडिकल कलेज खोल्न रोक लगाएपछि अघिल्लो सरकारले नै मनमोहन अधिकारी स्वास्थ्य विज्ञान प्रतिष्ठान विधेयक अगाडि बढाएको थियो । विधेयक अहिले संसदमा सैद्धान्तिक छलफलकोक्रममा रहेको छ । पछिल्लो समय मनमोहन स्वास्थ्य विज्ञान प्रतिष्ठान विवादित बनेको छ ।

पोखरेलले पार्टी पूर्वअध्यक्षसमेत रहेका पहिलो कम्युनिष्ट प्रधानमन्त्री अधिकारीको नामलाई धेरै विवादमा पार्न नहुने बताउँदै राजीनामा दिएको स्रोतको दाबी छ ।

पोखरेलले प्रतिष्ठानका अध्यक्षसमेत रहेका एमाले नेता राजेन्द्र पाण्डेसमक्ष चार बुँदे असन्तुष्टि राख्दै राजीनामा दिएका हुन् । पोखरेलले कतिपय विषयमा प्रतिष्ठान नेतृत्वलाई मनाउन नसकिएको र आफूले पनि मान्न नसकिएको राजीनामा लेखेका छन् । चार बुँदा उल्लेख गर्दै राजीनामा दिएका पोखरेलले नेताको नाममा सहकारी वा निजी मुनाफामुलक व्यवसाय सञ्चालन गर्न उचित नभएको, आर्थिक, सामाजिक प्रशासनिक सुधार गर्न नसकिएको उल्लेख गर्दै राजीनामा दिएका छन् ।

सहकारी विभाग स्रोतका अनुसार पोखरेलको राजीनामा विभागसम्म आइपुगेको छ ।